Vị trí đầu tiên tại khu vực nút giao với tỉnh lộ 15 (huyện Củ Chi) đã lệch tim so với quy hoạch lớn nhất khoảng 80m, nên phải bố trí đường cong đáp ứng tiêu chuẩn nhằm đảm bảo các yếu tố hình học theo tiêu chuẩn đường ô tô cao tốc yêu cầu thiết kế. Vị trí tiếp theo tại khu vực tiếp giáp giữa huyện Bình Chánh (TPHCM) với huyện Bến Lức (Long An) được điều chỉnh hướng tuyến lệch về phía Tây theo quy hoạch của tỉnh Long An nhằm đảm bảo hài hòa bình diện tuyến. Tại vị trí huyện Bình Chánh, khu vực điều chỉnh chủ yếu là đất nông nghiệp nên ảnh hưởng rất nhỏ đến người dân.
Trong quá trình thực hiện, đường Vành đai 3 có một số điểm chưa hoàn toàn phù hợp với dự án và đồ án điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng TPHCM đến năm 2025 nên phải điều chỉnh nhằm đảm bảo kết nối thông suốt và đảm bảo các yếu tố kỹ thuật. Việc thay đổi này vẫn phù hợp với mô hình, cấu trúc phát triển không gian và định hướng hạ tầng kỹ thuật khung của đồ án điều chỉnh quy hoạch.